Miembro de una familia noble de Baeza, fue maestro en Teología, arqueólogo, bibliógrafo, historiador y naturalista. Poseía una amplia formación humanística. Fue discípulo de Ambrosio de Morales (1513-1591) y polifacético autor de una voluminosa obra. Destacó sobremanera en el campo historiográfico, en la arqueología cristiana y en la recuperación del patrimonio bibliográfico, entre otras parcelas propias de la erudición de su tiempo, siendo uno de los más ilustres y doctos eruditos de la corte pontificia de la segunda mitad del siglo XVI, donde desarrolló casi toda su actividad literaria y ejerció de agente artístico del rey Felipe II. Fue tal su prestigio y la admiración despertada en el ambiente intelectual, que el papa Pío V (1566-1572) lo llamó a Roma para encomendarle la dirección de la Biblioteca Vaticana.