Entre las composiciones religiosas de Francisco de Cuenca, de largo contenido, son dignas de mención las dos que están incluidas en el Manuscrito 17.717 (B.N. Madrid), titulado Poesía mística de algunas cosas espirituales de Lope de Vega con otras de diferentes autores. Se trata de Canción a Cristo Crucificado y Canción a Sta. Ana, al estilo de Triunfos divinos del propio Lope.