De Juan Francisco de Villava no sabemos apenas nada, salvo que vivió entre los siglos XVI y XVII, que su patria fue la villa de Baeza y que como teólogo desempeñó el cargo de prior o párroco de la villa de Cabra, en el Obispado de Córdoba, y después en la de Jabalquinto, en la diócesis de Jaén. Dio ya cuenta de este breve currículum Nicolás Antonio en su célebre Bibliotheca Nova Hispana (I, p. 695). Desde entonces, sigue siendo un autor sumido en la niebla. Entre las diversas obras que cita Nicolás Antonio (algunas de las cuales parecen haberse perdido), destaca sobremanera sus Empresas espirituales y morales, obra moralizante perteneciente al género emblemático que tuvo una gran proyección en su época. Se publicó en Baeza en 1613, en las prensas de Fernando Díaz de Montoya.