Juan Pérez de Moya tuvo una dilatada existencia. Debió de nacer hacia 1513 en la villa de Santisteban del Puerto (Jaén). También la fecha de su fallecimiento se muestra esquiva y posiblemente tuvo lugar a finales de 1596, pues el último cabildo al que asistió fue en octubre de ese año. Muy poco se sabe de su trayectoria vital. Con veinticuatro años y ya bachiller, título obtenido en Salamanca y con el que firmará sus escritos, fue capellán en su localidad natal. Mucho después, desde 1590, ocupó una canonjía en Granada.

Tan extensa como su vida fue su obra. Entre sus escritos de mayor relevancia podemos destacar sus tratados diversos sobre aritmética, compendiados en su obra definitiva Aritmetica, Practica, y Especulatiua (Madrid, 1643), que lo consagró en vida como uno de los autores más ilustres en materia matemática. Años más tarde publicó el Tratado de geometria Practica, y Speculatiua. (Alcalá de Henares, 1573). En 1583 se publicó su Varia historia de sanctas e illustres mugeres en todo género de virtudes, que se inscribe dentro de la temática de la biografía moralizante. También participa de este carácter doctrinal sus Comparaciones o símiles para los vicios y virtudes (Alcalá de Henares, 1584), reeditada varias veces. Todo un hito supuso su última obra, Philosophia secreta (Madrid 1585) que obtuvo un inmediato y extraordinario éxito y se consideró un auténtico vademecum para cualquier artista barroco que quisiera conocer las historias de la mitología grecolatina.